Aldi baterako ezintasunaren ondorioak (kontingentzia profesionala eta kontingentzia arrunta) bi motatan sailka ditzakegu:
- Langileak arta dezaten behar du, dituen gaitzak osatzeko.
- Enpresak langileak babestu eta euren osasuna zaindu behar du.
Aldi baterako ezintasunak enpresentzako kostuetan eragiten du, baina ez soilik zuzeneko kostuetan, zeharkakoetan ere bai.
Bi kostu horien neurketa nahitaezkoa da, produktibitatean duen eragina ezagutzeko eta enpresak duen kostu-maila erreala ezagutzeko eta, kostu hori murrizteko, bere gain hartzeko prest dagoen inbertsio maila zehazteko eta azkenik, aldi baterako ezintasunaren kostua garatutako esku-hartzeekin lortutako amaierako emaitza ekonomikoekin alderatu ahal izateko.
Enpresen zuzeneko kostuak
Aldi baterako ezintasun egoeretan, enpresaren betebeharra mantentzen da kotizatzeko, kontratuaren iraungipen kasuan salbu (gehienez 545 egunera arte).
Lan-istripuan / gaixotasun profesionalean enpresak baja medikuaren eguneko kostua jasaten du soldata kontzeptu gisa eta berrerortze kasuan baja medikoko eguna ere bai. Kontingentzia arruntean enpresak aldi baterako ezintasun subsidioa ordaintzen du bajaren 4. egunetik 15. egunera arte oinarri arautzailearen % 60an.
Hitzarmen kolektibo aplikagarrian adostutakoaren edo, horrelakorik egon ezean, langilearekin adostutako banakako hitzarmenaren arabera, enpresaburuak bere gain hartu beharko du langileak jaso beharko lukeen ordainsariaren (aldi baterako ezintasuneko egoeran egongo ez balitz bezala), eta kontzeptu honengatik, jasotzeko eskubidea duen subsidioaren arteko aldea.
Langileentzat ere ondorio ekonomikoak daude baja mediko egoeran jasotzeari uzten dioten soldataren galera dela eta (borondatezko osagarririk izango ez balitz). Eta kontingentzia arruntean bajaren lehenengo hiru egunetan langileak ez du subsidiorik jasotzen.
Mutua eta erakunde kudeatzaileen kostuak
Subsidioa ordaintzeko bi era daude: enpresek ordainketa delegatua egitea, edo erakunde kudeatzaileek edo Gizarte Segurantzarekin lan egiten dutenek zuzenean ordaintzea. Eskuordetutako ordainketa Gizarte Segurantzarekin garatutako nahitaezko laguntza-era da. Ondoren, enpresak berriz jasotzen ditu langileei, kontzeptu honengatik, ordaindutako zenbatekoak eta deskontatzen ditu Gizarte Segurantzako kuotak ordaintzeko egin beharreko likidazioen zenbatekotik.
Subsidioaren zenbatekoa desberdina da, Aldi baterako ezintasuneko egoera kontingentzia profesionalengatik edo arruntengatik eragin bada: (Gizarte-segurantzaren Lege Orokorra. Urriaren 30eko 8/2015 Legegintzako Errege-dekretuaren 169-171 artikuluak) 
:
:
Enpresen zeharkako kostuak
Askotan (bereziki langile gutxiko enpresetan), onuraduna ordezkatu behar da eta horrek hautaketa kostuak, oinarrizko prestakuntza, ordainsaria eta gizarte kotizazioa suposatzen du.
Nahiz eta nekez neurtu ahal izan, garrantzitsutzat jo behar dira langilea ez egoteak eragindako zeharkako kostuak, bezeroekin duen harreman berezia delako edo ekoizpenean gaitasun zehatzak dituelako.
Araudiaren arabera Errege Dekretua - 3/2012 Legea amaierako xedapena lehena.4) , oporretarako aldiak kontingentzia profesional edo arrunten eraginez (bi kasuetan haurdunaldiarekin, erditzearekin edo edoskitze naturalarekin zerikusirik ez dutenak) aldi baterako ezintasuneko egoerarekin bat egiten dieten langileek, aipatutako egoera amaitu ondoren, aldi berri bat esleitzeko eskubidea izango dute, baita opor horiek hartu beharko ziren urte naturala amaitu bada ere. Horrek guztiak 18 hilabeteko muga izango luke, aldi baterako ezintasuna sortu zen urte amaieratik aurrera.
Zalantzarik gabe, lan absentismoa enpresetako produktibitatea galtzea eragiten duen kausa garrantzitsuenetariko bat da. Horrek porrotak eragiten ditu leihakortasunean eta, ondorioz, hedapena oztopatzen du eta emaitzak kaltetzen ditu, hots; ordezko langilearen produkzio txikiagoa ematen da bere ikaskuntza aldia amaitu arte, eta bajan zegoen langileak gutxiago ekoizten du lanera itzuli ondoren.
Batzuetan, enpresak langileei aparteko orduak egiteko eskatu behar die produkzioa edo zerbitzua mantendu ahal izateko, edo programazioarkein bat egin ahal izatkeo. Horrek osagarrizko kostua eragiten du.
Erakundean emandako absentismoak bertan dauden langileetan motibazioa galtzea eragin dezake eta ondorioz, soldata aldarrikapen gehiago, grebak, eta abar sor daitezke.